Szczególną niechęć społeczeństwa budził bogaty, uprzywilejowany ale i mało moralny Kościół katolicki w Niemczech. Bezpośrednią przyczyną, która zapoczątkowała reformację w Niemczech była sprzedaż odpustów, rozpisana przez papieży, którzy dążyli do wzbogacenia się. Wierni mieli uzyskać odpuszczenie grzechów w zamian za uiszczenie odpowiednich opłat. Reformację rozpoczęło wystąpienie Marcina Lutra, przeora zakony Augustianów w Wittenberdze i jednocześnie doktora teologii tamtejszego uniwersytetu, który w 1517 roku przybił na drzwiach kościoła listę spisanych 95 tez skierowanych przeciwko nadużyciom związanym z udzielaniem odpustów. Rozpoczęto wówczas dyskusję na temat sytuacji wewnętrznej Kościoła. Luter stawał się coraz bardziej radykalny w swoich poglądach. Doszło do tego iż papież zażądał odwołania jego poglądów. Luter nie zrobił tego został więc skazany na ekskomunikę i banicję. Uzyskał jednak poparcie wielu humanistów i rozpoczęto przeprowadzanie reform. W ich wyniku powstał nowy odłam w kościele katolickim - luteranizm. Najważniejszym elementem tego wyznania była Biblia, którą każdy mógł interpretować inaczej.
Poglądy Lutra znalazły swoje poparcie nie tylko w Niemczech., ale też na Węgrzech, w Czechach, czy w Polsce. W krajach skandynawskich luteranizm stał się religia państwowa. Wizję chrześcijaństwa znacznie surowszą niż luteranizm prezentował Jan Kalwin, działający w Szwajcarii. Podobnie jak Luter uznawał on tylko dwa sakramenty, jednak nie wierzył w przemianę chleba w ciało i wina w krew Chrystusa. Uznawał on także doktrynę predestynacji, która głosiła iż każdy człowiek w momencie urodzenia był już skazany na zbawienie lub potępienie i to co zrobi na Ziemi jest nie istotne. Organizacja kościoła kalwińskiego, była bardziej demokratyczna niż w innych epokach i opierała się na zasadach kolegialności. Pastorzy i urzędnicy byli wybierani przez wiernych, byli także nieuzależnieni od władzy. Szerzenie się kalwinizmu we Francji doprowadziło do powstania wielu konfliktów i wojen domowych pomiędzy kalwinistami a chrześcijanami. Spory zakończyły się jednak edyktem nantejskim, który gwarantował swobodę wyznania i równouprawnienie innowierców. W wyniku reformacji w Anglii powstał kościół anglikański. Od tego czasu głową kościoła był jednocześnie władca państwa.
W odpowiedzi na powstanie nowych religii i domaganie się reform, kościół katolicki zwołał sobór w Trydencie. Zanim jednak do niego doszło trzeba było wielu lat, papierze obawiali się bowiem ograniczenia swojej władzy. Tak późne zwołanie soboru spowodowało, że porozumienie z protestantami stało się już niemożliwe. W soborze brali udział głównie duchowni z Włoch i Hiszpanii. Określił on po pierwsze stanowisko kościoła katolickiego wobec nowych wyznań. Zostały one całkowicie potępione, czego wynikiem była kontrreformacja, czyli działania mające na celu zwalczenie protestantów. Jedną z pierwszych decyzji soboru było powołanie Trybunału Świętej Inkwizycji. Polegał on na osadzaniu w więzieniu, a także karanie winnych nawet śmiercią i konfiskowanie ich dóbr, w przypadku gdy są oni podejrzani o wyznawanie innej niż katolicyzm religii. Sporządzono także indeks ksiąg zakazanych, na którym znajdowała się lista ksiąg o treści niezgodnej z zasadami nauk chrześcijańskich. Ustanowiono także szereg reform wewnątrzkościelnych, które miały ograniczyć nadużycia duchowieństwa. Do reform tych należały między innymi: obowiązek wizytowania parafii oraz zakładanie seminariów duchownych, których ukończenie stało się warunkiem otrzymania święceń kapłańskich, uznano nieomylność papieża w sprawach wiary, ustalono także zasady wiary i liturgii katolickiej.